2005年01月31日

Mac mini欲しい、、、

mac_mini.jpg

なんでも行列できたらしいですね、Mac miniの販売に伴って。MacにはiPapersというフリーウェアのPubMedの論文PDFファイル管理アプリケーションがあって、とても便利そうです。これだけのためにMac miniが激しく欲しい今日この頃。この業界じゃやはりMacが広く使われていますし、いろいろ質問されてMacわかんねーっすよと、いつまでも言ってられない側面がありますし。何より、家に一台あったらお洒落じゃないでしょうか。めちゃモテ指数高いよ。←古


アップル - Mac mini
http://www.apple.com/jp/macmini/

iPapers
http://homepage.mac.com/toshihiro_aoyama/iPapers/index.html.ja
posted by soreyuke at 23:58| Comment(0) | TrackBack(0) | recommend | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

オープンアクセス文献

PLOS.jpg

恥ずかしながら、Public Library of Science (PLoS) という団体を最近知りました。自分で調べてみましたところ、要は公共アーカイブを主張する団体のようです。言ってみれば主目的はネット上で科学関連の刊行物を誰でも無料で読めるようにすることらしく、著作権・使用権制限などを受けないオープンアクセス文献 (OA文献)としてPLoS Genetics、PLoS Computational Biologyなどのオンライン雑誌を続々と刊行してゆくそうなのです。まさにこれはジョン・レノンの夢描いた「想像してごらん、国境なんてないんだ...」とばかりに制限のない学術雑誌を目指しているものにほかならないと理解しました。


関連サイト

Public Library of Science
http://www.plos.org/


Peter Suber, オープンアクセスの簡略紹介
http://www.earlham.edu/~peters/fos/brief.htm (原文)
http://www.slis.keio.ac.jp/~mine/OA/brief-ja.html (日本語訳)


Wired News - 「オープンソース・バイオロジー」まもなく始動 - : Hotwired
http://hotwired.goo.ne.jp/news/technology/story/20050131305.html
posted by soreyuke at 19:55| Comment(0) | TrackBack(1) | recommend | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

グラフ理論のプログラミング

そういえば、現在発売中のC MAGAZINE 2005年2月号には「グラフ理論入門」と題した特集記事があります。ここでいうグラフというのはノード(頂点)と、それを結ぶエッジ(辺)によって作られる図のことを指し、昨今のネットワーク解析などでは必須の数学的理論になると思います。


本特集では、グラフの入門編的な知識を紹介し、同時にグラフを利用したアルゴリズムを取り扱いやすくするための再利用可能なライブラリ(C言語)を実装し、それを利用したサンプルプログラムを紹介します。(C MAGAZINEより)



興味のある方はどうぞ。


C MAGAZINE
http://www.cmagazine.jp/
posted by soreyuke at 10:16| Comment(0) | TrackBack(0) | programing | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2005年01月28日

Complex network解明の鍵となる!?

その名も「複雑なネットワークの自己相似性」という論文が出ました。

C. Song, S. Havlin, H.A. Makse
(2005) "Self-similarity of complex networks" Nature 433, 392 - 395.


自己相似性はいわゆるフラクタル構造が持つ性質の 1つである。フラクタル構造は、海岸線、山脈そして河川流域など多くの自然システムに見られる。この発見は、今までスケールフリーなネットワークが自己相似ではないと考えられていたことからすると意外な結果である。著者たちは、スケールフリーなネットワークの基礎となる自己相似性はくりこみと呼ぶ手法を使って確認できることを示した。この手法ではネットワークに次々と「粗視化」する近似を行う。これは、ネットワークを見るとき目を細める程その詳細がよりぼやけて見えるということに似ている。この自己相似な性質は、複雑なネットワークがどのようにして成長し、スケールフリーな構造へと自己組織化していくか説明する上で有用になるだろう。(Nature Japanより)



・・・まだフォローできてません。(汗)
くりこみって何ぞや?
posted by soreyuke at 11:19| Comment(3) | TrackBack(2) | physics | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2005年01月27日

Mozilla Firefox 完全攻略ガイドも発売間近!

えむもじらさんの記事にあったのですが、

Mozilla Firefox 完全攻略ガイド
http://home.impress.co.jp/reference/2077.htm

という本が2/21に発売されるそうです。B5サイズ128Pの定価1,575円の予定。初心者にやさしい本となっていれば最高です、Firefox普及という意味で。
posted by soreyuke at 16:54| Comment(0) | TrackBack(0) | books | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

wgetで快適ダウンロード

ハイスループットデータの解析を行った論文ではSupplementary dataなどでraw dataが公表されていることが少なくないと思います。そのデータを根こそぎとって検証したい、あるいは自分の実験に役立てたいなどといった場合もあるでしょう。しかしながら、指定されたURLのページを見て、そこにある大量のデータにビビってしまうこともあるかもしれません。ブラウザで、いちいちリンク先をマウスで一個一個「対象をファイルに保存」とやるには忍耐がいることでしょう。

そこで登場するのがダウンロード支援ソフツです。Windowsであればこのようにいっぱいありますし、Unix/Linux上にもいくつかあります。そのうちの一つがwgetと呼ばれるものになります。wgetは主にUnix/Linux上のコマンドラインで使われ、URL(httpでもftpでも可)で指定したページ (or ファイル) を自分のコンピュータのHDD内にダウンロードしてくれる小粋なツールです。なお、wgetはWindowsでも使えます (Cygwinにもあります)。


wgetの利点が以下のように"Wgetを使おう的ページさんで挙げられています。

○GNUプロジェクトで作られている。
○ダウンロードが確実である。
○プロクシ指定ができる。
○軽い
○多くのカスタマイズができる
○左手だけでコマンドが打てる ←w
○UNIX上で使える
○FTPだけでなく、HTTPもまるごと持って来れる


[使い方例]
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Arabidopsis_thaliana/
にある各データを全部ダウンロードしたい
---
以下のようにシェル (bash: $)で一行コマンドを打ちます。


$ wget -r -np --wait=10 --no-host-directories ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Arabidopsis_thaliana/


このコマンドオプションの意味を軽く説明しますと、、、「リトライ時間を10秒間にして (ネットワークに負荷がかかっている場合は大きめに設定)、ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Arabidopsis_thaliana/ 以下 (-np: --no-parent, 親ディレクトリを再帰的に回収しない) を再帰的に (-r) 回収します (ドメイン名のディレクトリは作りません)」となります。

こうすることでカレントディレクトリ以下に指定したftpサイトのデータがそのまま保存されます。


なお、genomenet にNCBIのミラーがあります。。
ftp://ftp.genome.jp/pub/db/ncbi/





関連サイト

GNU wget - GNU Project - Free Software Foundation (FSF)
http://wget.sunsite.dk/

wget ダウンロード先
ftp://ftp.gnu.org/pub/gnu/wget/

Wgetを使おう的ページ
http://www.geocities.jp/horiuchimasaru/wget.html

wget tips
http://hnw.jp/documents/unixmemo/wget.html
posted by soreyuke at 16:46| Comment(0) | TrackBack(0) | programing | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2005年01月25日

Unix/Linuxシェルでファイル名を抜き出す (拡張子有無)

シェルの違いメモ。

bashでファイル名を抜き出す (拡張子有り無し)

$ ls
samp1.tex samp2.tex samp3.tex test1.txt test2.txt test3.txt
$ for i in `find . -name "*.txt"`; do echo $i; done
./test1.txt
./test2.txt
./test3.txt
$ for i in `find . -name "*.txt"`; do echo ${i%.txt}; done
./test1
./test2
./test3


tcshでファイル名を抜き出す (拡張子有り無し)

% foreach i ( `find . -name "*.tex"` )
foreach? echo $i:r
foreach? end
./samp1
./samp2
./samp3
% foreach i ( `find . -name "*.tex"` )
foreach? echo $i
foreach? end
./samp1.tex
./samp2.tex
./samp3.tex




foreach 指定されたコマンドを一括して実行する。csh・tcsh の内部コマンド
http://x68000.q-e-d.net/~68user/unix/pickup?foreach
posted by soreyuke at 14:57| Comment(0) | TrackBack(1) | programing | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

祝 Firefox 2000万ダウンロード突破!!

firefox0125.jpg

次世代ブラウザのMozilla Firefoxが、気づいたら2000万ダウンロード超えていました。

Firefox breaks 20,000,000 downloads! - Spread Firefox
http://www.spreadfirefox.com/?q=node/view/10665


人気も上々ということです。

"オンライン調査会社のWebSideStoryによれば、12月の初めから1月中旬にかけて、インターネット閲覧にMozilla FoundationのFirefoxブラウザを利用した調査対象者は、0.88%増の4.78%だったという。一方、この間のIEの利用率は0.7%減少して92.7%となった。6月に96.7%という数字を記録して以来、IE利用率は低下し続けている。"
http://japan.cnet.com/news/media/story/0,2000047715,20080217,00.htm

posted by soreyuke at 11:46| Comment(0) | TrackBack(0) | Mozilla Firefox | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2005年01月20日

FirefoxとThunderbirdの攻略本ですかー!?

何の気なしにブログ巡回していたら、

Firefox&Thunderbird 拡張機能 徹底解説(仮)
出版社: 辰巳出版 ; ISBN: 477780139X ; (2005/02/10)


なるものが出版されるらしいという情報を見つけました。Amazonによりますと、出版社が辰巳出版というところなので早速WEBを見てみました。


tatsumi


・・・何となく見た目で判断してはいけないですけども、

意外なトコ

から出版されるなぁという印象を持ちました。
posted by soreyuke at 11:31| Comment(0) | TrackBack(0) | books | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2005年01月17日

オープンソースの統合オフィスソフトOpenOffice.org 1.1.4が正式リリース

ooo_logo

多機能な統合オフィスソフト (ワープロ, 表計算, プレゼンテーション, ドロー. HTMLエディタを含む)であるOpenOffice.org (スクリーンショット)が最新バージョン1.1.4の各国語版をリリースしました。

OOoは、Microsoft Office と高い互換性を持ち、様々なプラットフォームで動作 (Windows (98/Me/XP/2000/NT4), Linux (x86), Linux (PPC), Solaris (x86), Solaris (UltraSPARC), FreeBSD, Mac OS X)し、 無料で入手できて、自由に使えるソフトであり、オープンソース(LGPL およびSISSL)開発されています。

バージョン1.1.3からの主な変更点は以下の通りです。

今回のリリースは、1.1.3からのバグフィックスです。81個の不具合を修正し
ており、今まで以上に安定度を高めています。 新機能は特にありませんが、ぜ
ひ新バージョンを試してみてください。

・Word ドキュメント読み込み時にクラッシュする不具合を改善
・大きな表のスクロール時に停止する不具合を改善
・CTL 言語をさらにサポート



関連サイト


ja: OpenOffice.org 1.1.4 日本語版
http://ja.openoffice.org/1.1.4/

ja: OpenOffice.orgを使いませんか
http://ja.openoffice.org/intro/index.html
posted by soreyuke at 09:46| Comment(0) | TrackBack(1) | OOo | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2005年01月14日

"ペーパーレスキャンパスで紙が持つ意味を考える"記事で情報と物質について考える

ペーパーレスキャンパスで紙が持つ意味を考える - CNET Japan
http://japan.cnet.com/column/tm/story/0,2000050611,20080017,00.htm

上の記事を読んで少し考えてみました。これを読むと、SFCはペーパーレス、つまり大学におけるレポート課題の提出やら卒業論文・学位論文などの提出の際、紙に印刷しなくても良い環境 (HTMLやWord文書、PDFなどで提出可)が整っているそうです。これは確かに無駄な紙の使用が減り、提出する学生の手間も省け、採点する側にとっても、それなりのメリットがあることなのかもしれません。

昨今、コンピュータおよびネットワーク整備のおかげで、ありとあらゆる情報が手軽なカタチで得られるようになってきました。インターネットにおける音楽配信や動画配信、あるいは研究者でしたら、いまどき紙で印刷される論文を待っていたのではとても仕事にならないくらいに論文のPDF化は普及しています。

またVMwareに代表されるような技術によって、仮想的にあるOS (例えばLinux) の上に別のOS (たとえばWindows)を乗せることも出来ますし、エミュレータのようなもので、昔のファミコンやMSXなどのようなテレビゲームをパソコン上で動かすことも出来ます。外出先で音楽を聴く場合にもポータブルCDプレーヤを使う人も近いうちに居なくなるのではないかと思われるくらい、ipodのようなプレーヤは普及し始めています。

このような状況をみますと、ともすると大事なのは中身のデジタル情報で、物理的な品物はただ場所を食うだけのシロモノに見えてきてしまうかもしれません。しかし、このような方向だけに物事が動いているかというと、そうではないような動きもあるように思います。つまり、「物質」を捨てて「情報」に走ったあと、一周してまた「物質」に戻ってくるような動きです。

たとえば、昔MSXを遊んだオトナが、この平成の世に公式エミュレータMSXPLAYerやiモードで、久々にボコスカウォーズをやったとします。


うっひょー、懐かしい!!
♪進めー進めー、ものどーも♪



などとディスプレイの前で叫びながら遊んでいるうちには良いのですが、だんだん昔が思い出されてきて (MSXにのめり込んだ度合いに比例して)、ついには


(MSX本体に) ROM差してー!!


と強く願うようになります。そして幸か不幸か、この例のオトナはその年齢層からいって現在、自由になる金をそこそこ持っています。自然、自分のこづかいでは当時買えなかった憧れの名機コレクションに走る・・・という図式。

あとは、アキバなどの裏道の露店で売ってる100in1など (ファミコンカセット100本が1つにまとまってる) 非合法的な怪しい品物でも同様の現象が起きているように見受けられます。私の友人は、ファミコンミニなどでは到底我慢が出来ず、当時のROMカセットを箱付説明書付で集めているため、アイスクライマーに数千円投資していました。パソコンにしても古いのをヤフオクで落札しまくって部屋中コレクションだらけという剛の者も存在します。いまに始まったことではないですけども音楽にしても、アナログレコードに回帰しちゃう人は少なからずいますし。


まぁ、物事なかなか一筋縄にはいかないですし、時代は巡るのかなと思わずにはいられません。かくいう私も一周まわった感がありまして、某ブックオフの105円本などを中心に書籍を買い漁り、軽いネット書店なら開けるぐらい積読 (つんどく) しております。←オイ


注: bioinfomaticsに関係なくてすみません。何かをrecommendしているわけでもありません。
posted by soreyuke at 15:03| Comment(0) | TrackBack(0) | recommend | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

何かある

JMS_seibutsu

先日、某大型中古本店の105円コーナーで

生物は体のかたちを自分で決める

という本を購入しました。著者は、イギリスの超有名な進化生物学者John Maynard Smith。ページ数が少なくて、とにかく薄いです。その限られたページ数の中で、著者はなるべく平易なことばで遺伝学〜発生生物学〜進化学を軸にして、進化生物学の説明を試みています。同時に、生物学における還元主義的アプローチ (分子生物学、分子遺伝学、遺伝子決定論、社会生物学など)と全体論的アプローチ (システム論、自己組織化、構造主義生物学、複雑系科学など)との融合性といいますか、前者に対する後者の理解、後者に対する前者の理解を強く求めているように感じました。発生生物学の話題などでは、どうしても専門用語を避けて通れないのは仕方の無いことだとは思いますが、全体として


熱さ


はビンビン伝わってきます。私のような進化論or進化学をマジメに勉強したことの無い人間にとっては、蒙を開かされることの多い内容でした。ただ、この本に関するネット上のいろいろな人の感想を読みますと、賛否両論みたいです。記述が厳密でないとか、参考文献が無いなど。しかし、それを指し引いても読む価値は十分にあると思います。

なお非常に残念なことですが、John Maynard Smithは昨年の春に亡くなってしまったようです。ご冥福をお祈りいたします。


Evolutionary biologist John Maynard Smith dies
http://www.sussex.ac.uk/press_office/media/media399.shtml
posted by soreyuke at 13:28| Comment(0) | TrackBack(0) | books | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2005年01月06日

cygwinの/cygdriveについて

windows上でcygwinを利用している(していた?)人にしかわからない話題かと思うのですが。。。


cygwin で /cygdrive を bash の補完対象にする
http://sonic64.hp.infoseek.co.jp/2004-08-02.html#2004-08-02-1


という記事があります。単にディレクトリを作るだけという目からウロコな小技でw、いまさらながら、タブ補完ができるようになってちょっとうれしい今日この頃です。←何年cygwin使ってるんだってハナシですが(^^;

でも改めて補完ができるようになって、気づいたこと、、、


補完に頼らず/cygdrive/cと打つのも、(もはや)遅くはない


ということです。
posted by soreyuke at 13:45| Comment(0) | TrackBack(0) | programing | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Firefoxの検索エンジン自作方法

レインドロップさんの

Firefoxのツールバーの検索エンジンリストを自作し、追加する。 http://pellucid.raindrop.jp/weblog/index.php?itemid=67

という記事があります。ブラウザMozilla Firefoxの検索バーはデフォルトでgoogleなどの主要な検索エンジンを利用することが可能ですが、この検索エンジンをユーザが任意に追加できるわけです。利用可能な検索エンジンの一覧がMozilla Firefoxまとめサイトで閲覧できます。


たとえば、バイオに関わる人間にとっては、すでに幾霜 残日録さんによって提供されていますが、NCBIのGenbank/PubMedの検索エンジンなどがマストな検索バーになるのではないでしょうか。こういった検索エンジンの中で自分の好きなものを追加する方法が上記の記事で紹介されているわけです。
posted by soreyuke at 13:30| Comment(0) | TrackBack(0) | Mozilla Firefox | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

GSL 1.6 リリース

日本語でいうと科学技術計算ライブラリになるのでしょうか、GNUプロジェクトによるGSL - GNU Scientific Libraryが半年ぶりにバージョンアップしまして1.6となりました。

GSLは、ANSI Cで書かれた比較的新しい数値計算ライブラリで、GNU General Public Licenseの条件下で入手可能です。GSLの膨大な数のライブラリ群は、初等関数・特殊関数にはじまり、ベクトル・行列計算、高速フーリエ変換 (FFT)、乱数列生成、統計計算、ヒストグラム、モンテカルロ積分、シミュレーテッドアニーリング、最小二乗近似・非線型最小二乗近似などなどありとあらゆる数値計算の分野をカバーしています。

以前はよくnumerical recipesを勧められたものですが、最近ではGSLが推奨されている感じがします。新しいアルゴリズムが開発されたときなど、実装されるのが早いそうです。


GSL - GNU Scientific Library - GNU Project - Free Software Foundation (FSF)
http://www.gnu.org/software/gsl/
posted by soreyuke at 13:08| Comment(0) | TrackBack(0) | programing | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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