2007年01月31日

NCBI C++ ToolkitをCygwinにインストール

WindowMaskerというツールを使いたいがために、NCBI C++ Toolkitをまるごとインストールしてみました。ビルドに時間はかかりましたが、フツーに入りました。ちなみにインストールされているCygwinのパッケージはAllです(全部入りw)。

ncbitk.png
NCBI C++ Toolkit
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/ncbi_tools++/CURRENT



上記ftpサイトからファイルncbi_cxx--Aug_14_2006.tar.gzをダウンロードして解凍する
$ tar zxvf ncbi_cxx--Aug_14_2006.tar.gz

ディレクトリ変更
$ cd ncbi_cxx--Aug_14_2006/

コンフィギュアする
$ ./configure 2>&1 | tee config.log070131

ビルドする
$ make 2>&1 | tee make.log

インストールする
$ make install-toolkit 2>&1 | tee make_inst.log

マニュアル用の文書をコピーする
$cd /ncbi_cxx--Aug_14_2006/src/app/winmasker
$ cp README /usr/local/man/man1/windowmasker.1


[参考]
WindowMasker





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Rによるデータ解析 by 青木繁伸氏

バリバリと使いこなしている方はもうすでにご存知とは思いますが、、、群馬大学の青木繁伸氏による統計Rについてのテキストのオンライン版


 http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/taygeta/Rstat.cgi


このような素晴らしいテキストが無料で読めるとは、大感謝です!



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2007年01月29日

Firemacs: FirefoxにEmacs風のキーバインド拡張機能

最近、ひそかに便利すぎる!と叫びたい拡張機能、その名も、、、


Firemacs


https://addons.mozilla.org/firefox/4141

ピンときた方は、Emacs/Mule or Meadow使いでしょうね。
そう、この拡張機能は、Firefox上での編集の際、Emacs
キー割り当てが使えるというスグレモノです(ただし、
Emacs使いでないとご利益は極めて少ないです)。

なお、詳しいキー割り当てはこのサイトをごらんください。


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2007年01月26日

Cytoscape日本語ドキュメント整備プロジェクト開始

cydoctop.png

随分前の記事のコメント上で、話題になりましたCytoscapeの日本語ドキュメント整備プロジェクトが本格始動した模様です。日頃からCytoscapeを使い込んでいる方は協力してもらえれば、私のような一般ユーザも助かります。もちろん自身も何らかの形で協力したいとは考えておりますが、、、


CyDoc: Cytoscape Japanese Documentation Project
http://cydoc.sourceforge.jp/




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2007年01月23日

お手軽ヒートマップ作成:HeatMapper

stjude_example.png

HeatMapper


発現プロファイルデータマイニングにおいて、単純に相関行列をヒートマップとして表したいという要望も時折見受けられます。ExcelのマクロやRを駆使したりしてましたが、選択の幅が広くなる上でよろしいのではないでしょうか。
http://www1.erasmusmc.nl/hematologie//heatmapper/

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2007年01月18日

Pajekの色使い一覧

たまに使うと忘れてしまうので。。。

col1.png





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2007年01月17日

Cytoscape 2.4.0がリリース

2_4_ss1_thumb.png

Cytoscape 2.4.0がリリースされました。
主な機能追加は以下の通りです。

* 論文への使用に耐えるクオリティを持つ図の制作が可能(ラベルの位置調整、レジェンドの自動生成)
* Quick Find プラグイン (Googleのサジェスト機能を模したノード、エッジ検索のためのプラグイン)
* 新しいアイコン
* (TAB区切り, CSVなどの)テキストファイル、Microsoft Excel(.xls)ファイル、Systems Biology Markup Language (SBML)、PSI-MI (Level 1 and 2.5)、BioPAX (Level 1 and 2)ファイルのインポートおよびリモ-トファイルのURL指定によるインポ-トをサポート
* オントロジーサーバによる可視化とオントロジー記述フォーマットOBOファイルのサポ-ト
* Java SE 5のサポート


今回のサポートによって、グラフによる可視化をしたいデータがExcel or テキスト保存されている場合、より一層描きやすくなったのではないでしょうか。


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