2006年11月07日

[R] igraphを用いたネットワーク分析

ご存知の方も多いかと思いますが、自分用のメモのために記しておきます。

頂点 (vertex or node) と線 (edge or link) から構成される、いわゆるグラフ (=ネットワーク) を取り扱うためのオープンソースライブラリにThe igraph libraryというものがあります。これはRでも利用可能 (インストールも簡単) であるため、凝った分析(統計解析含め)を行いたいときなどに便利かと思います。


The igraph library
http://cneurocvs.rmki.kfki.hu/igraph/

----------- 以下はごく簡単なサンプルRソース

# erdos-renyiのランダムグラフを作成
g <- erdos.renyi.game(100, 3/100)
# 描画
plot(g, layout=layout.fruchterman.reingold,vertex.size=4, labels=NA, frame=TRUE)

# BA (Barabasi-Albertモデル)によってscale-freeなグラフを作成
bg <- barabasi.game(10000, power=1)

# degree distributionの描画
plot(degree.distribution(bg), xlab="degree",
ylab="frequency", log="xy", pch=4, col=4, type="b")


random.png

degree.png


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posted by soreyuke at 19:25| Comment(0) | TrackBack(0) | Bioconductor | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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