2006年11月08日

[R] igraphで関連ネットワーク描画

昨日もお伝えしましたigraphに関する話題です。

例えば遺伝子発現プロファイルなどにおいて、実験条件や時系列にわたって遺伝子Aの発現パターンと遺伝子Bの発現パターンを比較する際に、類似度が導入されます。そのパターンの特徴間の類似性ネットワークは関連ネットワーク (relevance network) と呼ばれており、類似度によく用いられるのは相互情報量や相関係数などです。

この関連ネットワークは、多変量データ行列が得られていれば簡単にigraphで図示できます。


-------- 以下はごく簡単な描画例


# 乱数から成る10×10のデータ行列を作成
# 実際の解析では、matには相関行列が入ることが多い
mat <- matrix(runif(100), nr=10)

# 値が0.9以上のものを線でつないでプロット
plot(graph.adjacency(mat>=0.9, mode="undirected"), layout=layout.circle)



これで、data(Golub_Train)でロードされる38サンプル×3051遺伝子のデータ行列などから相関行列を求めて、関連ネットワークを描くことも容易になりました。

cor.png


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posted by soreyuke at 13:00| Comment(0) | TrackBack(0) | Bioconductor | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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