Network Analysis And Visualization

現在、ネットワークを可視化アプリケーションが結構な数で存在しますよね。皆さん、お奨めのアプリは何でしょうか。私は Cytoscape (http://www.cytoscape.org/) なんかが好きですね。まぁ目的に応じて、ビューワを作ったりしなくてはならない人々も多いかと思うのですが、そんなネットワーク可視化を支えるコミュニティサイトのご紹介。

http://www.cytoscape.org/

Comments

私、UCSDにてCytoscapeの開発をやっております大野と申します。今週中には2.2をリリースできると思いますので、ぜひ使ってやってみてください。

また、私が唯一の日本人開発者なので、日本語マニュアルなんかの整備をやってみてはどうかと言われているのですが、需要ありますでしょうかね？

Posted by K. Ono at 2005年11月22日 02:27

大野さん。日本でOpen bio研究会やらEMBOSSユーザー会やらKNOBやらをやっている二階堂と申します。素晴らしいツールの開発感謝しております。私も日常的に使っております。ドキュメントの和訳ですが需要はあると思います。よろしければ、こちらのコミュニティーで参加者を募ってみますがいかがでしょう?

soreyukeさん、場をお借りしてすみません。

Posted by Itoshi NIKAIDO at 2005年11月22日 11:30

二階堂さん：
Cytoscapeを使って頂いてどうも有難うございます。こちらはサンクスギビング前にリリース、そして休み明けにCytoscape Retreatがあるのでちょっとばたばたしていますが、それが終ったら時間が出来ますので、日本語ドキュメント整備に具体的に動ければと思っています。

素朴な疑問なんですが、日本にもこのソフトのユーザーと言うのはそれなりの数いらっしゃるのでしょうか？Trey (Ideker)も知りたがっていたようなので。

Posted by K. Ono at 2005年11月23日 08:04

あと、多分いちばん不満が出るところであろうグラフのレンダリングエンジンについては、2.3にて大幅な改善がある予定なので今暫くお待ち下さい。

Posted by K. Ono at 2005年11月23日 08:06

ユーザーの数はどうでしょうか。アンケートを取ってみましょうか。

レンダリングエンジンの改善はとても楽しみです。

Posted by Itoshi NIKAIDO at 2005年11月25日 09:15

是非とも開発などを優先してください。

ユーザーの数はわかりません。せっかくですのでアンケートを取ってみます。
http://groups.yahoo.co.jp/group/bioinformatics-jp/message/2971

レンダリングエンジンの改善、とても楽しみです。

Posted by Itoshi NIKAIDO at 2005年11月25日 09:52

Web上で商品紹介ページにおける用語x文脈の大規模データの分析を始めました．Social Network的分析／可視化よりは，Cytoscapeが適している（Macユーザです）かと思い，downloadしましたが，Cytoscapeの理論的基盤を説明した資料はありませんでしょうか．

Posted by 松田紀之 at 2007年05月28日 11:26

松田様;
Cytoscapeの理論的基盤というのが何を指しているのかわからないのですが、ソフトウェア自体の説明ならばオフィシャルサイト(http://www.cytoscape.org/)のドキュメントあるいはUCSD大野さんの主催しておられる日本語ドキュメントプロジェクト(http://cydoc.sourceforge.jp/)を参照していただくほかないと思います。

また、ネットワーク分析やネットワーク描画のアルゴリズムに関する理論的背景を知りたいということでしたら、数学のグラフ理論やグラフアルゴリズムの書籍は山ほどありますし、複雑ネットワークに関する書籍に関しては一般読者を対象にしたものもあります。

グラフ/ネットワーク描画に関する理論についてはそれ自体で研究対象となってしまうくらいの分野と思います。
たとえば、http://www.nakano-lab.cs.gunma-u.ac.jp/gd.html
など。また、Cytoscapeのほかにもソフトウェア/ライブラリ群が以下にあります。
http://networkviz.sourceforge.net/

Posted by soreyuke at 2007年06月06日 15:05