今日の御言葉

"the labor of careful measurement has been rewarded by the discovery of new fields of research and by the development of new scientific ideas." (James C. Maxwell)

入念な測定に骨折った労力というものは、研究の新地平が発見されたり、新しい科学のアイデアが発展することによって報われてきた。

オープンソースの仮想化ソフトXen

ケンブリッジ大学にて開発が進められている、オープンソースの仮想マシン　（Virtual Machine） のXenというものがあるそうで。仮想的にハードウェアを分割して、複数のOSを乗せることができる仮想マシン。ここによりますと、仮想化技術の実現方式は1つではないそうで、Xenの場合は専用モニタを用いる仮想マシンという実装の仕方に分類されるようです。つまり専用の仮想マシンモニタを動作させ、その上で動作するOS環境について細かい制御を提供するということ。

とにかく、こういった仮想化ソフトがオープンソースで開発されていることは喜ばしいことではないでしょうか。そういえば、bochsもありましたね、、、。


関連サイト

Computer Laboratory - Xen virtual machine monitor
http://www.cl.cam.ac.uk/Research/SRG/netos/xen/index.html

オープンソースの仮想化ソフトXen、大手各社が支持を表明 - CNET Japan
http://japan.cnet.com/news/ent/story/0,2000047623,20080818,00.htm?ref=rss

スラッシュドット ジャパン | GPLのオープンソースVM(?)「Xen」
http://slashdot.jp/article.pl?sid=03/10/14/1555202

スラッシュドット ジャパン | Xen 2.0 released
http://slashdot.jp/developers/04/11/06/0823239.shtml?topic=106

＠IT：仮想化技術のアプローチと実装（1/2）
http://www.atmarkit.co.jp/flinux/special/vm/vm01.html

bochs: The Open Source IA-32 Emulation Project (Home Page)
http://bochs.sourceforge.net/

Yahoo!ブログサービス開始

Yahoo!がいよいよブログサービスを始めたようです。Yahoo!JAPANのIDを取得すれば無料で利用できるようです。Yahoo!ブログの特長は、以下のとおりです。

* 容量無制限、好きなだけ投稿が可能
* 見せたい人だけに記事を表示できる公開・非公開設定
* 背景やデザインをカスタマイズ
* ページのレイアウトをカスタマイズ
* 簡単なアンケートをブログ上でできる投票機能
* 1つの記事に複数枚の画像を掲載可能
* 複数記事へのトラックバックが可能
* 気に入ったブログの動向をチェックするお気に入りブログ
* 誰が自分のブログを気に入ったかがわかるファン機能 (Yahoo!ブログより)

関連サイト

Yahoo!ブログ
http://blogs.yahoo.co.jp/


ヤフー、ブログサービス開始へ (MYCOM PC WEB)
http://pcweb.mycom.co.jp/news/2005/02/01/004.html

Mac mini欲しい、、、

なんでも行列できたらしいですね、Mac miniの販売に伴って。MacにはiPapersというフリーウェアのPubMedの論文PDFファイル管理アプリケーションがあって、とても便利そうです。これだけのためにMac miniが激しく欲しい今日この頃。この業界じゃやはりMacが広く使われていますし、いろいろ質問されてMacわかんねーっすよと、いつまでも言ってられない側面がありますし。何より、家に一台あったらお洒落じゃないでしょうか。めちゃモテ指数高いよ。←古


アップル - Mac mini
http://www.apple.com/jp/macmini/

iPapers
http://homepage.mac.com/toshihiro_aoyama/iPapers/index.html.ja

オープンアクセス文献

恥ずかしながら、Public Library of Science (PLoS) という団体を最近知りました。自分で調べてみましたところ、要は公共アーカイブを主張する団体のようです。言ってみれば主目的はネット上で科学関連の刊行物を誰でも無料で読めるようにすることらしく、著作権・使用権制限などを受けないオープンアクセス文献 (OA文献)としてPLoS Genetics、PLoS Computational Biologyなどのオンライン雑誌を続々と刊行してゆくそうなのです。まさにこれはジョン・レノンの夢描いた「想像してごらん、国境なんてないんだ...」とばかりに制限のない学術雑誌を目指しているものにほかならないと理解しました。


関連サイト

Public Library of Science
http://www.plos.org/


Peter Suber, オープンアクセスの簡略紹介
http://www.earlham.edu/~peters/fos/brief.htm (原文)
http://www.slis.keio.ac.jp/~mine/OA/brief-ja.html (日本語訳)


Wired News - 「オープンソース・バイオロジー」まもなく始動 - : Hotwired
http://hotwired.goo.ne.jp/news/technology/story/20050131305.html

"ペーパーレスキャンパスで紙が持つ意味を考える"記事で情報と物質について考える

ペーパーレスキャンパスで紙が持つ意味を考える - CNET Japan
http://japan.cnet.com/column/tm/story/0,2000050611,20080017,00.htm

上の記事を読んで少し考えてみました。これを読むと、SFCはペーパーレス、つまり大学におけるレポート課題の提出やら卒業論文・学位論文などの提出の際、紙に印刷しなくても良い環境 (HTMLやWord文書、PDFなどで提出可)が整っているそうです。これは確かに無駄な紙の使用が減り、提出する学生の手間も省け、採点する側にとっても、それなりのメリットがあることなのかもしれません。

昨今、コンピュータおよびネットワーク整備のおかげで、ありとあらゆる情報が手軽なカタチで得られるようになってきました。インターネットにおける音楽配信や動画配信、あるいは研究者でしたら、いまどき紙で印刷される論文を待っていたのではとても仕事にならないくらいに論文のPDF化は普及しています。

またVMwareに代表されるような技術によって、仮想的にあるOS (例えばLinux) の上に別のOS (たとえばWindows)を乗せることも出来ますし、エミュレータのようなもので、昔のファミコンやMSXなどのようなテレビゲームをパソコン上で動かすことも出来ます。外出先で音楽を聴く場合にもポータブルCDプレーヤを使う人も近いうちに居なくなるのではないかと思われるくらい、ipodのようなプレーヤは普及し始めています。

このような状況をみますと、ともすると大事なのは中身のデジタル情報で、物理的な品物はただ場所を食うだけのシロモノに見えてきてしまうかもしれません。しかし、このような方向だけに物事が動いているかというと、そうではないような動きもあるように思います。つまり、「物質」を捨てて「情報」に走ったあと、一周してまた「物質」に戻ってくるような動きです。

たとえば、昔MSXを遊んだオトナが、この平成の世に公式エミュレータMSXPLAYerやiモードで、久々にボコスカウォーズをやったとします。


うっひょー、懐かしい！！
♪進めー進めー、ものどーも♪


などとディスプレイの前で叫びながら遊んでいるうちには良いのですが、だんだん昔が思い出されてきて (MSXにのめり込んだ度合いに比例して)、ついには


(MSX本体に) ROM差してー！！


と強く願うようになります。そして幸か不幸か、この例のオトナはその年齢層からいって現在、自由になる金をそこそこ持っています。自然、自分のこづかいでは当時買えなかった憧れの名機コレクションに走る・・・という図式。

あとは、アキバなどの裏道の露店で売ってる100in1など (ファミコンカセット100本が1つにまとまってる) 非合法的な怪しい品物でも同様の現象が起きているように見受けられます。私の友人は、ファミコンミニなどでは到底我慢が出来ず、当時のROMカセットを箱付説明書付で集めているため、アイスクライマーに数千円投資していました。パソコンにしても古いのをヤフオクで落札しまくって部屋中コレクションだらけという剛の者も存在します。いまに始まったことではないですけども音楽にしても、アナログレコードに回帰しちゃう人は少なからずいますし。


まぁ、物事なかなか一筋縄にはいかないですし、時代は巡るのかなと思わずにはいられません。かくいう私も一周まわった感がありまして、某ブックオフの105円本などを中心に書籍を買い漁り、軽いネット書店なら開けるぐらい積読 (つんどく) しております。←オイ


注： bioinfomaticsに関係なくてすみません。何かをrecommendしているわけでもありません。

Adobe Reader 7.0 日本語版の具合はどんなものか？

無償PDF閲覧ソフトAdobe Readerの最新バージョン 7.0の日本語版が米Adobeからダウンロードできることがわかり、早速入れてみました。たしかに


起動早い


ですね。それから「Ctrl + f」でPDF内の検索機能がやけに動作が軽くなりました。このような感じです。↓



web上のPDF検索もエンジンがgoogleからyahoo!に変わっております。



インストールしたから何だ！？という感じがしないでもないですが、とりあえず旬なものにのっかってみました・・・。


関連記事

ITmediaニュース：「Adobe Reader 7.0」リリース
http://www.itmedia.co.jp/news/articles/0412/22/news077.html

Adobe、起動を高速化した「Adobe Reader 7.0日本語版」を公開
http://pc.watch.impress.co.jp/docs/2004/1222/adobe.htm

米Adobe、「Adobe Reader 7.0」のダウンロード配布を開始〜日英仏版など
http://internet.watch.impress.co.jp/cda/news/2004/12/22/5907.html

面白い試み

私がブログなぞを使って、モノを書いている主な理由は、いかなる情報もどこぞの誰かの役に立つこともあるはずだ！というものがあります。その道(専門分野とでもいいましょうか)のプロであったり、人に説明するのが上手な方が書いたサイトは優れたものがたくさんあることは言うまでもありませんし、それに越したことは無いのですけども。でも、しばしば他人が何気なく日記やなにかにちょろっと書いた情報が自分の問題解決に役立ったという経験も少なくありません。

そんな中、私がよく見て廻るサイトの一つに

物理のかぎしっぽ
http://www12.plala.or.jp/ksp/index.html

というサイトがあります。簡単に言ってしまうと物理系の大学院生が、自分で物理やコンピュータを学んだ内容を書きとめているサイトとなるわけですが、作者の不思議な魅力がサイトに反映されていて、とても面白いです。

また最近、そのコンテンツの主力をなす物理とコンピュータの勉強ノートをプロジェクト化して、つまり複数人で集まって(ネット上でなんでしょうが)、系統立てて整理していこうという動きが出ているようです。

物理のかぎプロジェクト [物理のかぎしっぽ]
http://www12.plala.or.jp/ksp/project/index.html


いやー、


なんて素敵なんでしょう！！


ブルバギ数学原論のブルバギみたいですね。もっと遡るならば、ユークリッドとか。バイオインフォマティクスでもそういうものが出ると素敵でしょうね！やっぱりどうしても教科書ですと、体裁というものを考えるあまり、「実践〜」「サルでもわかるナントカ」とか書いてあってもイマイチ、ピンときませんものね。もっと著者が苦労した点などを盛りこんであると独学で研究なり勉強をすすめる若きバイオインフォマティシャンが勇気付けられるのではないでしょうか。(自分含め)

というわけで、物理のかぎしっぽさんを激しく応援しています！！

無償のPDF作成ソフト クセロPDF

何の気なしにWEB巡回をしていたら、たまたま便利なソフトに出会いました。それは


クセロPDF
http://xelo.jp/xelopdf/


です。ま、簡単にいえば、AdobeのAcrobatとか使わずにダータ(無料)でPDFファイルを作ってしまうというものですね。

窓の杜では以下のように説明がされております。

「クセロPDF」は、任意のソフト経由で印刷可能な各種ファイルをPDF形式に変換できるソフト。仮想プリンターとして動作する仕組みで、本ソフトをインストールすると、印刷ダイアログのプリンター一覧に“クセロPDF”が追加される。ファイル印刷時にこの“クセロPDF”を選択し、保存先フォルダを指定して［OK］ボタンを押せば、指定したフォルダにPDF文書を保存できる。

というわけでインストールしますと、以下のような仮想プリンタが一覧に表示されるわけです。



ちょっと使ってみてはいるのですが、私の環境 (Windows XP SP2)ですと、PDF変換するたびに次のようなブーイング (警告)をされてしまいます。



しかしながら変換具合はいたって良好です。いちいちクセロのWEBサイトを開いてくれるという仕様はウザいのですが・・・。ま、無償ですからね。総合的にはやはりオススメです。


関連サイト

窓の杜 - 【NEWS】クセロ、パスワード設定機能搭載のPDF文書作成ソフト「クセロPDF」を無償公開
http://www.forest.impress.co.jp/article/2004/09/02/xelopdf.html

PDF基本ツール無償化の波が広がる - PDF作成ツール「クセロPDF」が無償配布 (MYCOM PC WEB)
http://pcweb.mycom.co.jp/news/2004/08/26/002.html

PDF作り方教室　クセロPDF編
http://www.insatsuyasan.com/PDF/pdf_csero.htm

最近、「手書き」してますか

突然ですけど、最近エンピツ (シャーペンでも筆記用具なら何でも)でモノを書いてますか？たとえば、ウェットの人なんかでは実験ノートをこまめにとることが多いと思います。またドライの人にしてみても、作業日誌の様なものはつけていると思いますし、メモをとることは研究をすすめる上で最も大切な行為だと思います。パソコンも普及し、便利なワープロソフト (エディタでも良い)などでメモをとる人も多いでしょう。私もしばらくの間、横着プログラミングを読んでからですが、主にコンピュータ上でメモをとってきました。

でもちょっと待ってください！！

冷静に振り返りますと、ホントに忘れてるんですよ、書いたこととか。書いたメモが見つからないというのは、検索がうまくいってないだけの話しですが、目的のメモを開いてビックリ！どこの誰が書いたんですか？と問いたくなることもしばしばです。←私だけかもしれませんが　

ここで、中学生時代にまで遡ってみましょう。中学校で英語にはじめて触れた人が大多数だと思いますが、英単語を覚えるときどうしましたか？もちろん、繰り返し声に出して発音して覚えた人もいるでしょうが、大概はノートかなんかにそれこそ手書きで、おびただしい回数を反覆して覚えたはずです。

高校受験・大学受験まではそんな感じが続きます。良くも悪くもそういうもので競い合うレースに過ぎませんので。それで、大学の卒研あたりまでゆくと、それまでの3年間というパラダイスを経験して、ノートに手書きでモノを書くなんて行為は激減してます。さらに研究の道を進んだ場合 (社会に出た場合も当てはまりそうですが)、読まなきゃいけない文献は増えるし、覚えなきゃいけない理論・技術はわんさかと出てきます。ただ、その頃には完全に

耳学問頼り

になってたりしませんか？指導教官や上司・先輩から口で聞いた知識だったり技術。それを自ら「盗んだ知識だ」といえば聞こえは良いですが、大体はいざというときに役にたちませんね。じつは、こういうときこそ、いやこういうときにこそ書いて書いて書きまくって学ぶときなのではないかと、ふと思ったのです。

私は正直言いますけど、Natureなりの学術論文 (Natureに限らないですが)をサラッと読んでわかった気になるのがすごく嫌いです。もともと賢いわけじゃないですし。考えてみれば、一報の論文を仕上げるのに著者たちは、何ヶ月も場合によっては何年も研究し、実験ノートをとっています。論文に載っているFigureにしても、ほんの一部でしかなく、それこそ幾多の予備実験や解析が背後にあることを忘れてはならないわけです。

そう考えますと、論文を理解するにも、新しい理論・技術を学ぶにも、はたまた実験作業ノートをつけるにも、手書きするのがもっとも身につくという結論に達しませんかね (当たり前のことだとも言えますが)。少なくとも私はそう思います。自分で苦しんでもがいた知識でないと、真に使えるものになりませんから。

というわけで、今日のrecommend 「手書き」