2007年01月31日

NCBI C++ ToolkitをCygwinにインストール

WindowMaskerというツールを使いたいがために、NCBI C++ Toolkitをまるごとインストールしてみました。ビルドに時間はかかりましたが、フツーに入りました。ちなみにインストールされているCygwinのパッケージはAllです(全部入りw)。

ncbitk.png
NCBI C++ Toolkit
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/ncbi_tools++/CURRENT



上記ftpサイトからファイルncbi_cxx--Aug_14_2006.tar.gzをダウンロードして解凍する
$ tar zxvf ncbi_cxx--Aug_14_2006.tar.gz

ディレクトリ変更
$ cd ncbi_cxx--Aug_14_2006/

コンフィギュアする
$ ./configure 2>&1 | tee config.log070131

ビルドする
$ make 2>&1 | tee make.log

インストールする
$ make install-toolkit 2>&1 | tee make_inst.log

マニュアル用の文書をコピーする
$cd /ncbi_cxx--Aug_14_2006/src/app/winmasker
$ cp README /usr/local/man/man1/windowmasker.1


[参考]
WindowMasker





banner_04.gif ←人気blogランキングに参加しております
posted by soreyuke at 20:57| Comment(0) | TrackBack(0) | tools | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年01月26日

Cytoscape日本語ドキュメント整備プロジェクト開始

cydoctop.png

随分前の記事のコメント上で、話題になりましたCytoscapeの日本語ドキュメント整備プロジェクトが本格始動した模様です。日頃からCytoscapeを使い込んでいる方は協力してもらえれば、私のような一般ユーザも助かります。もちろん自身も何らかの形で協力したいとは考えておりますが、、、


CyDoc: Cytoscape Japanese Documentation Project
http://cydoc.sourceforge.jp/




banner_04.gif ←クリックして応援していただけますと著者も元気が出ます
posted by soreyuke at 16:44| Comment(0) | TrackBack(1) | tools | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年01月23日

お手軽ヒートマップ作成:HeatMapper

stjude_example.png

HeatMapper


発現プロファイルデータマイニングにおいて、単純に相関行列をヒートマップとして表したいという要望も時折見受けられます。ExcelのマクロやRを駆使したりしてましたが、選択の幅が広くなる上でよろしいのではないでしょうか。
http://www1.erasmusmc.nl/hematologie//heatmapper/

banner_03.gif ←人気blogランキングに参加しております
posted by soreyuke at 18:48| Comment(0) | TrackBack(1) | tools | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年01月17日

Cytoscape 2.4.0がリリース

2_4_ss1_thumb.png

Cytoscape 2.4.0がリリースされました。
主な機能追加は以下の通りです。

* 論文への使用に耐えるクオリティを持つ図の制作が可能(ラベルの位置調整、レジェンドの自動生成)
* Quick Find プラグイン (Googleのサジェスト機能を模したノード、エッジ検索のためのプラグイン)
* 新しいアイコン
* (TAB区切り, CSVなどの)テキストファイル、Microsoft Excel(.xls)ファイル、Systems Biology Markup Language (SBML)、PSI-MI (Level 1 and 2.5)、BioPAX (Level 1 and 2)ファイルのインポートおよびリモ-トファイルのURL指定によるインポ-トをサポート
* オントロジーサーバによる可視化とオントロジー記述フォーマットOBOファイルのサポ-ト
* Java SE 5のサポート


今回のサポートによって、グラフによる可視化をしたいデータがExcel or テキスト保存されている場合、より一層描きやすくなったのではないでしょうか。


banner_03.gif ←人気blogランキングに参加しております
posted by soreyuke at 10:46| Comment(0) | TrackBack(0) | tools | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2006年11月05日

CytoscapeとMS Excelファイル

Cytoscape Info.さんの 10/31の記事によりますと、次期リリースのCytoscape2.4では MS Excelファイルのインポートが可能になるようです。

となると、 Pajekよりはるかに使い勝手が向上しますね。
posted by soreyuke at 04:16| Comment(1) | TrackBack(0) | tools | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2005年10月27日

Network Analysis And Visualization

現在、ネットワークを可視化アプリケーションが結構な数で存在しますよね。皆さん、お奨めのアプリは何でしょうか。私は Cytoscape (http://www.cytoscape.org/) なんかが好きですね。まぁ目的に応じて、ビューワを作ったりしなくてはならない人々も多いかと思うのですが、そんなネットワーク可視化を支えるコミュニティサイトのご紹介。

http://www.cytoscape.org/
posted by soreyuke at 14:28| Comment(8) | TrackBack(4) | tools | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2005年02月21日

BioWareDB: the biomedical software and database search engine

bioinformatics toolのデータベース。こんなのあったのですね、、、知りませんでした。toolのためのtoolとなるのでしょうか。


BioWareDB.org
http://biowaredb.org/

M. W. Matthiessen, Bioinformatics 2003 19: 2319-2320.


検索例:
biowaredb.jpg
posted by soreyuke at 15:55| Comment(0) | TrackBack(0) | tools | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2005年02月16日

CGView - Circular Genome Viewer

CGview.jpg

なんとなく論文誌Bioinformaticsを眺めていたら楽しげなツールがありましたので、軽くご紹介。バクテリアゲノムなどを扱っている方には興味を持っていただけるかと。

CGView
Stothard P, Wishart DS. (2005) "Circular genome visualization and exploration using CGView" Bioinformatics, 21:537-9. (PubMed)

CGViewはJavaで作られたアプリケーションで、XMLファイルやタブ区切りファイルを入力して環状ゲノムのマップを描くものです。出力ファイルもPNG, JPEGなど様々なフォーマットの使用が可能で、拡大縮小可能なマップも描けます。詳しくはギャラリーを見てください。ダウンロードは無償です。


CGView インストール
以下、Windows XP SP2上のcygwinで動作確認してみました。

1. 本体とソースが入ったファイルcgview.zipをダウンロードして、解凍します。
2. cgviewディレクトリに入って以下のコマンドを打ちます。

$ java -jar cgview.jar -i cybercell.xml -o cybercell.png -f png

これはcybercell.xmlファイルに描かれたマップのPNG画像を生成します。cgviewディレクトリ内で作業を追ってみます。いうまでもありませんが、Java 1.4以上が必要です。


$ ls
NC_001849.ptt ca/ cybercell.xml genbank_to_cgview/ lib/ src/
README cgview.jar example_3_features.tab includes/ manifestinfo
$ which java
/cygdrive/c/Windows/system32/java
$ java -jar cgview.jar -i cybercell.xml -o cybercell.png -f png
Parsing XML input.
Drawing features......
Drawing tick marks.
Drawing legends.
The map has been drawn.
Writing picture to cybercell.png


これでcybercell.pngという画像ファイルが出来るはずです。

3. CGViewはCGView XMLフォーマット
シンプルなタブ区切りNCBI pttフォーマット、の3つのフォーマットに対応しています。入力ファイルは.xml, .tab, .pttのいずれかの拡張子をつけます。Perlスクリプトgenbank_to_cgview.plはGenBank or EMBLファイルをCGView XMLファイルへと変換します。

genbank_to_cgviewというディレクトリにはこのPerlスクリプトとREADMEファイル、そしてサンプルとしてBorrelia burgdorferi plasmid cp9のコンプリート配列 (ファイル名NC_001904.gbk) が格納されています。なおこのスクリプトはBioperl 1.4以上が必要です。スクリプトの使用方法は以下のようになっています。

Usage: genbank_to_cgview.pl -i inputfile -o outputfile -s size ('small', 'medium', or 'large')




$ cd genbank_to_cgview
$ perl genbank_to_cgview.pl -i NC_001904.gbk -o NC_001904.xml -s medium

Sliding window size of 100 bases used for gc and at skew plot.
Moving in increments of 2 bases.
Sliding window size of 100 bases used for gc and at plot.
Moving in increments of 2 bases.


$ cd ../
$ java -jar cgview.jar -i genbank_to_cgview/NC_001904.xml -o NC_001904.png -f png
-h NC_001904.html
Parsing XML input.
Drawing features................
Positioning and drawing 11 labels..........................
0 labels were removed.
Drawing tick marks.
Drawing legends.
The map has been drawn.
Writing picture to NC_001904.png
Writing HTML to NC_001904.html

これでPNG画像とHTMLファイルができます。他にもコマンドラインオプションはありますので、
こちらを参照してください。

NC_001904.png

NC_001904.html

上記の説明は静的なPNG画像を作るためのものです。zoomableなものを作るには他を参照してください。←無責任w

いやー、こういうの論文の図などに入れるとカッコイイでしょう!?


関連サイト

CGView
http://wishart.biology.ualberta.ca/cgview/
posted by soreyuke at 14:37| Comment(0) | TrackBack(0) | tools | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

広告


この広告は60日以上更新がないブログに表示がされております。

以下のいずれかの方法で非表示にすることが可能です。

・記事の投稿、編集をおこなう
・マイブログの【設定】 > 【広告設定】 より、「60日間更新が無い場合」 の 「広告を表示しない」にチェックを入れて保存する。


×

この広告は1年以上新しい記事の投稿がないブログに表示されております。