ゲノムで振り返る2004年

ニワトリゲノム解読 Nature2004年12月9日号
http://www.natureasia.com/japan/focus/chickengenome/

ヒトゲノム解読 Nature2004年10月21日号
http://www.natureasia.com/japan/focus/humangenome/

チンパンジーゲノム解読 Nature2004年5月27日号
http://www.natureasia.com/japan/focus/chimpanzee/

ラットゲノム解読 Nature2004年4月1日号
http://www.natureasia.com/japan/focus/ratgenome/


なんという年なんでしょう2004年というのは！！

いやもちろん、バクテリアゲノムの解読などはそらぁもう加速度的に増加しています
。

マツタケゲノム解読ですかー！

ここ数日、プレゼンの準備やらで悪戦苦闘していましたら、タカラのドラゴンジェノミクスが

マツタケ

のゲノム配列を解読したというニュースが世間を賑わせているじゃないですか！！

遺伝情報は細胞核内のＤＮＡ上に並ぶ４種類の塩基の配列によって記録されている。マツタケのゲノムの場合、全塩基は３０００万〜４０００万対ある。同社はこのうち８０％以上を解読し、約９０００個の遺伝子を見つけたとしている。
(毎日新聞より)

ということです。なんとなく、たかがキノコごときで人間様の約半分近くの(推定)遺伝子数ってのは腑に落ちない感じはしますね。

・・・こんなこと言ってるとキノコ屋さんに怒られてしまいそうなんで(^^;、あ！昨日もエノキのバター炒めを食べましたー！フー

chicken genomeの概要配列

12/9付けのNature誌にchicken (鶏)のゲノムDNA配列の概要版の報告がのっています。鳥類では初めてで、遺伝子もヒトと同程度の数が推定されており、脊椎動物の遺伝子機能を大規模に調べる際の良いモデルとなることが期待されています。また鳥類では初めてのゲノム解読完了ということもあって、進化の解明などにも役立つといわれています。

とりあえず、今日のお昼は目玉焼き定食でも食べますか！？ｗ



関連サイト

Nature web focus: The Chicken Genome
http://www.nature.com/nature/focus/chickengenome/index.html


鶏のゲノム解析の概要版でき上がる　鳥類では初 - asahi.com : サイエンス
http://www.asahi.com/science/update/1209/002.html

ヒトゲノム全塩基配列解読完了！！

今週号のNatureに「Finishing the euchromatic sequence of the human genome」というタイトルの論文が載っています (Nature 431, 931- 945 (2004))。これは、とりもなおさずヒトゲノムユークロチンの全塩基配列解読完了を報告しています。

国際ヒトゲノム配列決定コンソーシアム (INTERNATIONAL HUMAN GENOME SEQUENCING CONSORTIUM)は、2001年、ヒトゲノム解読競争の末に概要 (draft)配列の解読をNatureに報告しました。「ヒトゲノムがついに解読された！」というセンセーショナルなニュースが世界中に報道されたことは記憶に新しいと思います。ただ、「解読された」というのは、じつは答えがイエスともノーとも取れるものなのでした。

概要はあくまで概要でしかなくて、ユークロマチン (遺伝子が豊富なゲノム領域)部分においてはおよそ10%程度の誤差があり、ゲノム全体ではヘテロクロマチン (遺伝子がほとんどないゲノム領域) 部分も含めて約30%程度の誤差があるものだったのです。ただ実際、この概要配列はその後の分子生物学を始めとする多くの分野に多大な影響を及ぼしました。ヒトゲノムに限ったことではないですが、大量なゲノム情報は、生物学者の実験研究プロセスのスタイルにも変化をもたらしました。まず実験の前に、コンピュータでWEBデータベース検索！という風に。

今回の報告において、現在のヒトゲノム配列データ (Build 35)は28億5,000万塩基対の長さを持ち (これはユークロマチンゲノムの約99%をカバーしています)、エラー率は10万塩基対あたり約1個という精度の高い配列データとなりました。ギャップもわずかに341ヶ所ということです。ヒトゲノムにはタンパク質をコードしている遺伝子がおよそ2万から2万5千個しかないことは注目に値します。このような従来から見積もられていた遺伝子の数や遺伝子進化に関する研究、またはゲノムの長距離な構造の研究などは、概要配列の誤差に起因した議論が耐えなかったのですが、この高精度のゲノム配列は、それら論争に決着をつけるに値するものになるでしょう。


l関連サイト

Nature web focus: The Human Genome
http://www.nature.com/nature/focus/humangenome/

DNA discovery focus from the nature journal: double helix
http://www.nature.com/nature/DNA50/

DNAパイオニアのモーリス・ウィルキンス死去

BBCニュースによりますと、ジェームス・ワトソン、フランシス・クリックに並ぶDNAパイオニアであるモーリス・ウィルキンスが昨日亡くなられたそうです。享年88歳。クリックに続いて、悲しい限りです。ワトソンの著した「二重らせん」をいま一度読み返そうかと思います。合唱。


モーリス・ウィルキンスのウィキペディア (Wikipedia)

マイクロアレイ関連の論文目録

このサイト、熱心に集めてくれてますね。ありがたや〜、ありがたや〜。ｗ　っていうか、WEBサーベイしてたらフツーにブチ当たるサイトですがね。(^^;


Bibliography on Microarray Data Analysis
http://www.nslij-genetics.org/microarray/


関連論文のすべてじゃないのは言うまでも無いですが、ちと気が遠くなりそうな数です。ひえーー。

microarray解析の基礎1

(自分で学んだことをメモ的に書きますので、間違いがあるかもしれません)

ここでいうmicroarrayは、主にmRNA発現量の同時定量のことを指します。測定方法は、Affymetrix社のGeneChipに話を限定することにします。そもそもmicroarrayの原理は、molecular biologyの実験(ほぼ)全般に言えることですが、ハイブリダイゼーション (hybridization)を基礎に置いています。いたって単純な原理で、核酸の相補性がすべてであるといっても過言ではありません。

Affymetrix High density Oligonucleotide Arrayの場合、Stanford発のスポット型microarrayとは異なり、ガラス板に多数のoligomerがくっついております。くっつき方は、二次元的に説明しますと、ガラス板を水平に置いた場合に、25merのoligonucleotideが垂直に上方へ伸びるように光科学的手法でもって合成・付着されます。この辺の技術がAffymetrix社の特許であるそうで、この手法により、oligonucleotideを約1cmのガラス板に高密度に付着することが可能となり、ハイスループットな測定ができるということです。

25mer oligonucleotideはパーフェクトマッチ (PM)と呼ばれるものと、そのプローブの13番目の塩基を変えたものミスマッチ (MM)を同時に測定することによって、SN比を減らすことが出来ます。この25merという数字で、十分に特異性と感受性を保つことができ、高等生物ゲノムにあるリピート配列やらrDNAなど類似の配列は避けるよう、遺伝子に特異的な部分を選択しデザインされています。

references
[1] Affymetrix http://www.affymetrix.com/
[2] Affymetrix Japan http://www.affymetrix.co.jp/