2007年01月26日

Cytoscape日本語ドキュメント整備プロジェクト開始

cydoctop.png

随分前の記事のコメント上で、話題になりましたCytoscapeの日本語ドキュメント整備プロジェクトが本格始動した模様です。日頃からCytoscapeを使い込んでいる方は協力してもらえれば、私のような一般ユーザも助かります。もちろん自身も何らかの形で協力したいとは考えておりますが、、、


CyDoc: Cytoscape Japanese Documentation Project
http://cydoc.sourceforge.jp/




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2007年01月23日

お手軽ヒートマップ作成:HeatMapper

stjude_example.png

HeatMapper


発現プロファイルデータマイニングにおいて、単純に相関行列をヒートマップとして表したいという要望も時折見受けられます。ExcelのマクロやRを駆使したりしてましたが、選択の幅が広くなる上でよろしいのではないでしょうか。
http://www1.erasmusmc.nl/hematologie//heatmapper/

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2007年01月18日

Pajekの色使い一覧

たまに使うと忘れてしまうので。。。

col1.png





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2007年01月17日

Cytoscape 2.4.0がリリース

2_4_ss1_thumb.png

Cytoscape 2.4.0がリリースされました。
主な機能追加は以下の通りです。

* 論文への使用に耐えるクオリティを持つ図の制作が可能(ラベルの位置調整、レジェンドの自動生成)
* Quick Find プラグイン (Googleのサジェスト機能を模したノード、エッジ検索のためのプラグイン)
* 新しいアイコン
* (TAB区切り, CSVなどの)テキストファイル、Microsoft Excel(.xls)ファイル、Systems Biology Markup Language (SBML)、PSI-MI (Level 1 and 2.5)、BioPAX (Level 1 and 2)ファイルのインポートおよびリモ-トファイルのURL指定によるインポ-トをサポート
* オントロジーサーバによる可視化とオントロジー記述フォーマットOBOファイルのサポ-ト
* Java SE 5のサポート


今回のサポートによって、グラフによる可視化をしたいデータがExcel or テキスト保存されている場合、より一層描きやすくなったのではないでしょうか。


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2006年11月17日

Firefox Developers Conference 2006

Mozilla Japan主催のFirefox Developers Conference 2006 - Create our future Web browser! -が12/9に行われるそうですよ。


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2006年11月12日

Exploratory Social Network Analysis with Pajekの翻訳計画!?

webサーフィンしていたら、社会ネットワーク分析で著名な安田雪氏のブログを見つけました。ブログ自体は8月に開始されているので、3ヶ月も私は気づかないでいたわけで、すでにご存知の方も多数いるとは思いますが、、、 (^^;

中でも、個人的にとりわけ興味深かったのは 10/31の記事
「pajekによる探索的ネットワーク分析」の翻訳プロジェクトという言葉が!これって、 Exploratory Social Network Analysis with Pajekのことなんでしょうか。
ESNApajek.jpg

だとしたら、この本の翻訳に安田氏は適任だと思います。期待して待ちましょう。


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2006年11月11日

骨のあるバイオインフォマティクス書籍

昨今ではAmazonやらで”バイオインフォマティクス”などと検索しますと、日本語で書かれた様々なバイオインフォマティクス本がヒットします。レベルも初心者向けから色々ありますし、情報学寄り・生物学寄りなど著者や企画によってカラーが異なります。

そんな中、既存ツールの組み合わせだけでは自分の仕事が進まない!本格的なアプリケーションをゴリゴリとプログラミングしたい!という要望に応える書籍は極めて少なかったように思います。

最近、その観点から見てこれは!?と思った唯一の書籍がコレ。

bioprograming.jpg
バイオプログラミング―バイオインフォマティクス演習
松尾 洋 著


http://www.amazon.co.jp/gp/product/4274200574/ref=cm_lm_fullview_prod_4/250-1588035-8180209


生物学的データの処理を行う中・大規模アプリのC++ソースが含まれており、なんだかものすごく漢(おとこ)を感じる内容です。これは密かに名著なのでは!?とプッシュしたくなった次第なのでした。

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2006年11月08日

[R] igraphで関連ネットワーク描画

昨日もお伝えしましたigraphに関する話題です。

例えば遺伝子発現プロファイルなどにおいて、実験条件や時系列にわたって遺伝子Aの発現パターンと遺伝子Bの発現パターンを比較する際に、類似度が導入されます。そのパターンの特徴間の類似性ネットワークは関連ネットワーク (relevance network) と呼ばれており、類似度によく用いられるのは相互情報量や相関係数などです。

この関連ネットワークは、多変量データ行列が得られていれば簡単にigraphで図示できます。


-------- 以下はごく簡単な描画例


# 乱数から成る10×10のデータ行列を作成
# 実際の解析では、matには相関行列が入ることが多い
mat <- matrix(runif(100), nr=10)

# 値が0.9以上のものを線でつないでプロット
plot(graph.adjacency(mat>=0.9, mode="undirected"), layout=layout.circle)



これで、data(Golub_Train)でロードされる38サンプル×3051遺伝子のデータ行列などから相関行列を求めて、関連ネットワークを描くことも容易になりました。

cor.png


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2006年11月07日

[R] igraphを用いたネットワーク分析

ご存知の方も多いかと思いますが、自分用のメモのために記しておきます。

頂点 (vertex or node) と線 (edge or link) から構成される、いわゆるグラフ (=ネットワーク) を取り扱うためのオープンソースライブラリにThe igraph libraryというものがあります。これはRでも利用可能 (インストールも簡単) であるため、凝った分析(統計解析含め)を行いたいときなどに便利かと思います。


The igraph library
http://cneurocvs.rmki.kfki.hu/igraph/

----------- 以下はごく簡単なサンプルRソース

# erdos-renyiのランダムグラフを作成
g <- erdos.renyi.game(100, 3/100)
# 描画
plot(g, layout=layout.fruchterman.reingold,vertex.size=4, labels=NA, frame=TRUE)

# BA (Barabasi-Albertモデル)によってscale-freeなグラフを作成
bg <- barabasi.game(10000, power=1)

# degree distributionの描画
plot(degree.distribution(bg), xlab="degree",
ylab="frequency", log="xy", pch=4, col=4, type="b")


random.png

degree.png


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2006年11月06日

Rでバブルプロット

三つ変数組のデータを二次元平面上にバブルプロットする描き方をメモっておく。

n <- 50
x <- rnorm(n)
y <- rnorm(n)
z <- rnorm(n)
re.norm <- function (z) {
z <- abs(z)
z <- 10*z/max(z)
z
}
z <- re.norm(z)
op <- par(mar = c(3,2,4,2)+.1)
plot(x, y, cex = z, pch = 16, col = "blue",
xlab = "", ylab = "",
main = "")
points(x, y, cex = z)


bp.png
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