2005年03月04日

Support Vector Machine

svm.jpg

そういえば、今月は「サポートベクターマシン入門」が発売されるのでした。上の画像にある洋書の訳本ですね。

 N.クリスティアニーニ・J.ショー-テイラ著/大北 剛訳 定価3990円(税込)
 http://www.kyoritsu-pub.co.jp/shinkan/shin0503_12.html
 3月23日配本
 本書は,マシンラーニングを学ぶ学生や社会人の方向けに,サポートベクター
 マシンの必須要素を,簡潔ていねいに解説した初のテキストです。(共立出版より)


これを機に学んでみようかなぁと軽く考えています、、、。必要に迫られないと身につかないってのは真実だと思いますが。
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2005年02月22日

オープンソースの仮想化ソフトXen

xen.jpg

ケンブリッジ大学にて開発が進められている、オープンソースの仮想マシン (Virtual Machine) のXenというものがあるそうで。仮想的にハードウェアを分割して、複数のOSを乗せることができる仮想マシン。ここによりますと、仮想化技術の実現方式は1つではないそうで、Xenの場合は専用モニタを用いる仮想マシンという実装の仕方に分類されるようです。つまり専用の仮想マシンモニタを動作させ、その上で動作するOS環境について細かい制御を提供するということ。

とにかく、こういった仮想化ソフトがオープンソースで開発されていることは喜ばしいことではないでしょうか。そういえば、bochsもありましたね、、、。


関連サイト

Computer Laboratory - Xen virtual machine monitor
http://www.cl.cam.ac.uk/Research/SRG/netos/xen/index.html

オープンソースの仮想化ソフトXen、大手各社が支持を表明 - CNET Japan
http://japan.cnet.com/news/ent/story/0,2000047623,20080818,00.htm?ref=rss

スラッシュドット ジャパン | GPLのオープンソースVM(?)「Xen」
http://slashdot.jp/article.pl?sid=03/10/14/1555202

スラッシュドット ジャパン | Xen 2.0 released
http://slashdot.jp/developers/04/11/06/0823239.shtml?topic=106

@IT:仮想化技術のアプローチと実装(1/2)
http://www.atmarkit.co.jp/flinux/special/vm/vm01.html

bochs: The Open Source IA-32 Emulation Project (Home Page)
http://bochs.sourceforge.net/
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2005年02月21日

BioWareDB: the biomedical software and database search engine

bioinformatics toolのデータベース。こんなのあったのですね、、、知りませんでした。toolのためのtoolとなるのでしょうか。


BioWareDB.org
http://biowaredb.org/

M. W. Matthiessen, Bioinformatics 2003 19: 2319-2320.


検索例:
biowaredb.jpg
posted by soreyuke at 15:55| Comment(0) | TrackBack(0) | tools | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2005年02月18日

初心者必見!ブラウザFirefoxのエクステンション特集 by 窓の杜

firefox_logo

窓の杜にて Mozilla Firefox のエクステンション (プラグイン) について特集が組まれております。ブラウザFirefoxの魅力の一つはいろいろなエクステンション (プラグイン) を導入して自分好みのブラウザへとカスタマイズできることだと思います。


窓の杜 - 【特集】「Firefox」プラグイン特集 第1回
http://www.forest.impress.co.jp/article/2005/02/17/firefoxplugins.html


デフォルトの状態のままでも基本的な機能はありますが、「より便利に」あるいは「現在使用しているWebブラウザと同様の機能が欲しい」というような要望をエクステンションの追加で十分叶えることができます。多種多様なエクステンションを国内外のモノ問わずにジャンル別に分け、3週間にわたって紹介していくそうです。



関連サイト

Mozilla Firefox まとめサイト
http://firefox.geckodev.org/

Mozilla Japan ニュース Firefox 1.0 日本語版が 100 万ダウンロードを達成
http://www.mozilla-japan.org/news-jp.html#20050217
posted by soreyuke at 11:24| Comment(0) | TrackBack(1) | Mozilla Firefox | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2005年02月17日

祝 ブラウザMozilla Firefox 2,500万ダウンロード突破!

fx_25m.jpg

Mozilla Firefoxが昨年の11/9リリース以来、通算で2500万ダウンロードを達成しました。おめでとうございます。ずいぶんと周りでもFirefoxを使っている方を見かけるようになりましたもの。そんな中、Mozilla Storeが2500万ダウンロードを記念して25%offセールを実施中です(←本日までかな?)。夏に向けてFirefox T-shirtどうですか??


moz_sale.jpg



関連サイト

Mozilla Foundation、Firefox ブラウザの 2500 万ダウンロード達成を発表
http://www.mozilla-japan.org/press/foundation-2005-02-16.html

Spread Firefox - Igniting the web
http://www.spreadfirefox.com/

Mozilla Store
http://www.mozillastore.com/

posted by soreyuke at 10:33| Comment(0) | TrackBack(1) | Mozilla Firefox | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2005年02月16日

Firefox用のYahoo!ツールバー

y_tb.jpg

Firefox用のYahoo!ツールバー 「Yahoo! Toolbar Beta for Mozilla Firefox」が公開されました。Windows, Mac OS X, Linux, FreeBSDに対応するFirefoxで無償ダウンロード利用できます。
主な機能は以下の通り。

Yahoo!の検索機能
RSSやATOMのMy Yahoo!に1 clickで登録できる機能
Yahoo! Mailでの受信通知機能
AltaVistaの翻訳サービス「Babel Fish」ベースの翻訳機能




関連サイト

Yahoo! Toolbar
http://toolbar.yahoo.com/firefox

ITmedia エンタープライズ:Yahoo!、Firefox版ツールバーをテスト
http://www.itmedia.co.jp/enterprise/articles/0502/10/news100.html

米Yahoo!、Firefox向けツールバーのベータ版
http://internet.watch.impress.co.jp/cda/news/2005/02/10/6445.html

Japan.internet.com Webテクノロジー - 『Firefox』版の『Yahoo! Toolbar』が登場
http://japan.internet.com/webtech/20050214/12.html
posted by soreyuke at 14:39| Comment(0) | TrackBack(0) | Mozilla Firefox | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

CGView - Circular Genome Viewer

CGview.jpg

なんとなく論文誌Bioinformaticsを眺めていたら楽しげなツールがありましたので、軽くご紹介。バクテリアゲノムなどを扱っている方には興味を持っていただけるかと。

CGView
Stothard P, Wishart DS. (2005) "Circular genome visualization and exploration using CGView" Bioinformatics, 21:537-9. (PubMed)

CGViewはJavaで作られたアプリケーションで、XMLファイルやタブ区切りファイルを入力して環状ゲノムのマップを描くものです。出力ファイルもPNG, JPEGなど様々なフォーマットの使用が可能で、拡大縮小可能なマップも描けます。詳しくはギャラリーを見てください。ダウンロードは無償です。


CGView インストール
以下、Windows XP SP2上のcygwinで動作確認してみました。

1. 本体とソースが入ったファイルcgview.zipをダウンロードして、解凍します。
2. cgviewディレクトリに入って以下のコマンドを打ちます。

$ java -jar cgview.jar -i cybercell.xml -o cybercell.png -f png

これはcybercell.xmlファイルに描かれたマップのPNG画像を生成します。cgviewディレクトリ内で作業を追ってみます。いうまでもありませんが、Java 1.4以上が必要です。


$ ls
NC_001849.ptt ca/ cybercell.xml genbank_to_cgview/ lib/ src/
README cgview.jar example_3_features.tab includes/ manifestinfo
$ which java
/cygdrive/c/Windows/system32/java
$ java -jar cgview.jar -i cybercell.xml -o cybercell.png -f png
Parsing XML input.
Drawing features......
Drawing tick marks.
Drawing legends.
The map has been drawn.
Writing picture to cybercell.png


これでcybercell.pngという画像ファイルが出来るはずです。

3. CGViewはCGView XMLフォーマット
シンプルなタブ区切りNCBI pttフォーマット、の3つのフォーマットに対応しています。入力ファイルは.xml, .tab, .pttのいずれかの拡張子をつけます。Perlスクリプトgenbank_to_cgview.plはGenBank or EMBLファイルをCGView XMLファイルへと変換します。

genbank_to_cgviewというディレクトリにはこのPerlスクリプトとREADMEファイル、そしてサンプルとしてBorrelia burgdorferi plasmid cp9のコンプリート配列 (ファイル名NC_001904.gbk) が格納されています。なおこのスクリプトはBioperl 1.4以上が必要です。スクリプトの使用方法は以下のようになっています。

Usage: genbank_to_cgview.pl -i inputfile -o outputfile -s size ('small', 'medium', or 'large')




$ cd genbank_to_cgview
$ perl genbank_to_cgview.pl -i NC_001904.gbk -o NC_001904.xml -s medium

Sliding window size of 100 bases used for gc and at skew plot.
Moving in increments of 2 bases.
Sliding window size of 100 bases used for gc and at plot.
Moving in increments of 2 bases.


$ cd ../
$ java -jar cgview.jar -i genbank_to_cgview/NC_001904.xml -o NC_001904.png -f png
-h NC_001904.html
Parsing XML input.
Drawing features................
Positioning and drawing 11 labels..........................
0 labels were removed.
Drawing tick marks.
Drawing legends.
The map has been drawn.
Writing picture to NC_001904.png
Writing HTML to NC_001904.html

これでPNG画像とHTMLファイルができます。他にもコマンドラインオプションはありますので、
こちらを参照してください。

NC_001904.png

NC_001904.html

上記の説明は静的なPNG画像を作るためのものです。zoomableなものを作るには他を参照してください。←無責任w

いやー、こういうの論文の図などに入れるとカッコイイでしょう!?


関連サイト

CGView
http://wishart.biology.ualberta.ca/cgview/
posted by soreyuke at 14:37| Comment(0) | TrackBack(0) | tools | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2005年02月09日

Firefoxなどに新たな表示偽装の脆弱性

Mozilla、Firefox、CaminoといったMozilla関連のブラウザのほかSafari、Opera、Omniwebなどのブラウザが、日本語ドメインのような国際化ドメイン (IDN)処理に関連する脆弱性が存在することが報じられております。悪用されればアドレスバーやステータスバーのドメイン名表示などを偽装され、その偽装Webサイトを用いたフィッシング詐欺に悪用される可能性があります。なお、IDNをデフォルトでサポートしないことからInternet Explorerにはこの脆弱性は存在しないということです。(苦笑)

現在のところ修正パッチ等は存在しませんので、対策としては

・IDNを無効にする
・不審なリンクを安易にクリックしない
・重要な処理を行う際にはURLを手で入力してアクセスする


などユーザ自身で出来る限り気をつける以外ありません。

なお、FirefoxでIDNを無効化するには、

1. アドレスバーにabout:configと打ち込む。
aboutconfig.jpg

2. 項目にあるnetwork.enableIDNの値をfalseにする。ダブルクリックすれば値がfalseになります。
   (デフォルトではtrueに設定されています)
fx_IDN.jpg


とします。該当ブラウザをお使いの方々は十分気をつけてくださいませ。


関連記事

FirefoxやMozillaなどにアドレス・バーや証明書の表示を偽装される脆弱性 : IT Pro ニュース
http://itpro.nikkeibp.co.jp/free/ITPro/NEWS/20050208/155885/

ITmedia エンタープライズ:国際化ドメイン名処理に起因する表示偽装の脆弱性、OperaやFirefoxなどに影響
http://www.itmedia.co.jp/enterprise/articles/0502/08/news028.html
posted by soreyuke at 10:40| Comment(0) | TrackBack(0) | Mozilla Firefox | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2005年02月08日

グラフクラスとアルゴリズム

古池や蛙飛び込むどうでもよいさんの記事で電子情報通信学会誌2005年2月号に

上原隆平 「グラフクラスとアルゴリズム」

なる解説があることを知りました。激しく読みたいけど、近くにこの会誌は見当たらないなぁと思っていましたが、ネット検索すると著者のページにて加筆修正されたバージョンの解説がありました。


Graph Classes and Algorithms
http://www.jaist.ac.jp/%7Euehara/etc/graph-class/index.html


区間グラフとゲノム配列のアセンブリとの関係に関する箇所はとくに興味深いと感じました。



参考文献

電子情報通信学会誌目次 2005年2月号
http://www.ieice.org/jpn/books/mokuji/2005/2005_02.html
posted by soreyuke at 14:56| Comment(0) | TrackBack(1) | programing | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

スタンドアロンカレンダー Mozilla Sunbird 0.2

sunbird0.2.png

Firefox, ThunderbirdなどMozilla製品をお使いの方はご存知かと思いますが、MozillaによるカレンダーアプリケーションのMozilla Sunbird 0.2 が正式リリースされました。Windows、Linux、Mac OS Xに対応しており、Mozillaサイトのダウンロードページから手に入れることができます。

関連記事

Sunbird プロジェクト - スタンドアロンカレンダー
http://www.mozilla-japan.org/projects/calendar/sunbird.html

ITmediaニュース:Mozillaの予定表ソフト「Sunbird 0.2」リリース
http://www.itmedia.co.jp/news/articles/0502/08/news016.html

Mozillaのスケジュール管理ソフト「Sunbird 0.2」が初めて公式リリース
http://internet.watch.impress.co.jp/cda/news/2005/02/07/6375.html

Mark Carson - Sunbird Artwork
http://markcarson.com/MarkCarson/Asp/Sunbird.asp
posted by soreyuke at 10:30| Comment(0) | TrackBack(0) | Mozilla Sunbird | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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